Las misiones de los integrantes del G.E.O. son aquellas en las que las unidades de la Policía Nacional no pueden actuar debido a su alta peligrosidad o que exijan una especial cualificación. La mayoría de estos casos se encuadran en la siguiente lista:

Liberación de rehenes, en el medio en el que ocurra el secuestro: aviones, bancos, casas en el campo, medios urbanos...
Detención de delincuentes peligrosos, como en el caso de terroristas, narcotraficantes, asesinos, etc.
Escolta de autoridades, como la Familia Real o el Presidente del Gobierno.
Captura de cargamentos de droga y de armas.
Actuaciones en el medio acuático como rescate de cadáveres, recuperación de paquetes de droga u armas...

También participan en otras operaciones menos importantes, como por ejemplo, en el asalto a casas de pequeños narcotraficantes. Estas operaciones se justifican por el efecto disuasorio que produce la presencia de estos hombres, que intimida mucho más que varios agentes de paisano con sus armas reglamentarias. Por lo tanto, el riesgo a una respuesta por parte de los delincuentes se reduce considerablemente.

Es importante tener en cuenta que la inmensa mayoría de las operaciones efectuadas por el Grupo no se dan a conocer a la opinión pública, solo lo hacen las que prácticamente no hay más remedio, como en el caso de la liberación de secuestrados por la banda terrorista ETA, donde la sociedad conoce el resultado de la operación policial.